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吐鲁番经济开发区的前身是吐鲁番经济贸易开发区，成立于1992年。2003年被吐鲁番地委确定为吐鲁番地区重点发展的轻工建材园区。2006年8月，经自治区人民政府根据国家发改委同意更名为吐鲁番经济开发区并批准为自治区级开发区，2006年9月22日国家发改委正式公告吐鲁番经济开发区为省级开发区。

2016年12月，吐鲁番市高昌区将辖区内大河沿工业园、七泉湖工业园、港城空港物流园、湘疆产业园、葡萄酒庄园产业园及旅游纺织服装产业园等区属重点产业园区纳入经济开发区统一管理，形成“一区六园”战略定位清晰、产业布局合理、资源要素集约和规划建设统一、精简高效的园区管理机制和体制。

大河沿工业园距市区38公里，规划面积4.24平方公里，是兰新铁路的重要交汇枢纽，大宗商品仓储、物流货运产业基础扎实，具有明显区位竞争优势。大河沿镇境内氧化钠、石灰石、煤炭等矿产资源及风光新能源资源丰富。2019年建设大河沿镇石材工业园，项目占地3000亩，将成为吐鲁番规模最大的集石材加工、石材展示、物流、下游循环经济及大型综合商业为一体的综合性大型石材产业服务平台，辐射整个新疆并向更为广大的国内外石材交易市场。

七泉湖工业园（沈宏化工工业园）位于吐鲁番市东北42公里处七泉湖镇。园区总面积3平方公里，重点化工企业1家，新引进投资千万元的钢铁铸造企业2家，煤矿企业5家，水泥制品企业1家，玻璃加工企业1家，煤窑沟休闲度假点13家。辖区工业用地资源丰富，电力资源充足，工业用水资源充裕，矿产资源品种繁多，输电、广电、通讯覆盖面已达100%以上。目前，通过招商引资，已成为无机盐化工、煤炭开采、炼铁铸造为主的工业产业群集中地。

港城空港物流园（交河物流港）位于高昌区西约6公里，312国道以北，高铁线以南，规划总面积11.64平方公里，开发建设总投资约100亿元左右。港城作为吐鲁番发展现代化服务业和新型工业化的新载体。主要发展商贸仓储、旅游配套服务、现代工业、航空物流等产业。