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鄂尔多斯高新区成立于2003年1月，2011年12月更名为鄂尔多斯高新技术产业园区，2017年2月获批为国家级高新技术产业开发区。
高新区位于鄂尔多斯市中心城区，规划面积120平方公里。建区以来，高新区始终以构建区域创新体系、引领地区产业转型升级为使命，按照“传统提升”和“新兴植入”的思路，确定了以云计算大数据、节能环保、新材料、生物医药与健康、新能源等新兴产业为主导的产业发展方向，形成了“一区四园”的发展架构。先后被认定为国家清洁能源国际创新园、国家级众创空间试点基地、国家小型微型企业创业创新示范基地、自治区人才改革试验区、自治区级承接产业转移示范区、自治区级服务业集聚区。
高新区现有国家级科技企业孵化器1个，国家级众创空间1个，创业园3个，科技创新与育成中心1个，创业孵化面积达到3.4万平方米，在孵企业123家，已毕业80余家。累计引进和培养各类创新创业人才400余人，其中两院院士8名、国家“千人计划”8名、“长江学者”4名、“百人计划”3名，引进并培养自治区“草原英才”21名，获批自治区高层次人才创新创业基地1个、产业创新创业人才团队7个。与中科院、清华大学、哈工大等合作共建院士专家工作站6个、各类创新研发平台16个。
截至目前，区内注册企业总数达到430户，注册资金1亿元以上23户，1000万元以上96户，现有高新技术企业4家，科技型企业198家，进入高新技术企业培育库企业23家，获批国家知识产权优势企业1家，成功引进了京东集团、中国电信、暾澜投资等行业龙头企业入驻。
2017年，完成销售收入7.62亿元，固定资产投资3.2亿元，新增注册企业125家，协议引进招商项目48项，总投资额146亿元。