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菏泽牡丹工业园区于2001年底开始规划建设，2006年3月被省政府批准为省级经济技术开发区，2008年1月被省政府列为省级高新技术产业开发区，此后相继被批准为第一批省级生物高技术产业基地，省级可持续发展实验区，山东省知识产权园区，山东省优质中成药及抗生素药品生产基地，山东省创新药物（菏泽）孵化基地，省级战略性新兴产业（生物医药）示范基地，山东省新型工业化（生物医药产业）示范基地和国家第一批10个知识产权集群化管理试点区之一。



目前，累计入区企业186家，投产企业91家，其中规模以上工业企业62家，形成了新医药、新材料、新能源、商贸物流及配套加工四大主导产业。2012年，规模以上工业企业完成主营业务收入210亿元，上缴税金14.65亿元，同比增长46.9%、31.8%.



园区科技创新发展显著，组建了山东省医药产业技术创新战略联盟，承担国家火炬计划、省自主创新成果转化重大专项等省级以上科技计划40项；山东省战略性新兴产业项目6项，建有市级以上工程研究中心、企业技术中心、工程实验室21家，院士工作站1家；成立了现代中药创新协作中心，山东科学院中试基地、泰山学者岗在园区挂牌；省级创新型企业2家，市级创新型企业3家，市级创新型试点企业11家；市级以上高新技术企业发展到27家。



下一步，园区将抢抓省委、省政府支持菏泽打造鲁苏豫皖交界地区科学发展和邻边经济高地、西部经济隆起带等多重战略机遇，适度扩大规划区域，合理延伸产业链条，配套发展商贸物流、科技研发、金融保险等现代服务业。