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南京工业大学是全国首批国家级大学科技园的共建单位。2003年独立启动大学科技园建设，2009年2月获科技部、教育部认定为国家级大学科技园。南京工业大学国家大学科技园遵循“政府引导、市场运作、资源共享、服务开放”的原则，依托学校学科、科研、人才优势，整合社会资源，开展产学研合作、推进技术转移和成果转化、创新创业人才培养、高新技术企业孵化及战略性新兴产业培育，服务区域经济社会发展，已成为南京市和江苏省“政产学研用结合”的重要窗口。

自成立以来，科技园建设了唯一的南京市大学生创业示范园、南京市科技成果转化基地，首批省互联网众创园、首批省大学生创新创业示范基地，国家国际科技合作基地、国家高校学生科技创业实习基地；支撑学校成功申报首批14个“2011计划”之一的国家级协同创新中心、首批国家深化创新创业教育改革示范校、首批“中美青年创客交流中心”、“全国高校实践育人创新创业基地”。科技园近年连续获南京市绩效评价优秀等次，也是苏南国家自主创新示范区首次评估唯一优秀高校科技园区。