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仙居县经济开发区前身为仙居工业园区，成立于2003年5月，2006年3月，经国家发改委核准为省级工业园区。2009年8月，在县工业园区的基础上成立县经济开发区。2015年12月，成功升格为省级经济开发区。整合设立的省级浙江仙居经济开发区下辖规划总面积 11.67平方公里，包括核心区块（永安、现代、下各）、工艺品城区块、白塔区块和横溪区块的“一核三区”，远期拓展面积65平方公里。
永安区块位于永安溪以北，35省道南侧，距台金高速下各互通口1公里，离县城10公里。2004年开始建设，一期规划面积5平方公里，主要吸纳电子机械、汽摩配件等新兴产业企业，区块内规划有低收入农户就业创业项目、汽摩配基地项目和物流基地项目，是目前重点开发区块。现有入园企业58家，投产企业11家，2010年区内企业实现产值2.66亿元，创税317.53万元。
现代区块位于县城东部，35省道南侧，离县城6公里，是城南医化企业搬迁园区，规划总面积5平方公里。现有24家企业落户，18家企业投产。2010年区内企业实现产值24.5亿元，创税1.24亿元。
城南区块位于仙居县城南，规划总面积1平方公里，主要集聚医化企业，已有18家企业入园，17家投产。2010年区内企业实现产值5.18亿元，创税2724万元。根据县域总体规划，城南区块将淘汰污染大、产出低的医药中间体以及原料药生产，整合发展集团总部、研发、销售中心，逐步向第三产业发展。
工艺品城位于仙居县城北，2000年开始建设，规划总面积4.7平方公里，主要聚集工艺美术企业。入园企业54家，投产企业46家。2010年区内企业实现产值10.82亿元，创税5905万元。
白塔区块位于白塔镇北部，离台金高速公路白塔互通口1公里，2006年开始建设，规划总面积1.26平方公里，主要吸纳温州等地的汽车配件和电子电器产业。目前已有25家企业入园，4家投产。2010年实现产值0.99亿元，创税145万元。
下各创新区块位于台缙高速公路下各互通口以西，下各镇西侧，距县城12公里，2002年开始建设，规划总面积2.39平方公里，主要聚集工艺美术企业。现有入园企业51家，投产企业50家。2010年区内企业实现产值7.56亿元，创税2166万元。
横溪区块位于横溪镇政府东侧，离台金高速公路横溪出口1公里，2002年开始建设，规划总面积1平方公里，主要引进工艺美术、电子机械类项目。目前已有18家企业入园，目前已全部投产。2010年区内企业实现产值4.5亿元，创税1400万元。按照横溪镇总体规划，横溪区块未来开发的重点将转移到镇北区块，一期规划面积600多亩。
近年来，仙居经济开发区加快推进工业主平台的发展，配套设施不断完善，综合实力不断提升，形成了以生物医药、高端医疗器械、文化创意、汽摩配、智能电气五大产业为主的产业格局。2015年，区内企业实现销售收入102亿元，同比增23.2%，入库税收5.19亿元，同比增18.5%。