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广州南沙保税港区于2008年10月18日经国务院批准设立,位于广州番禺南沙区龙穴岛上.广州南沙保税港区设有码头作业区、物流仓储加工区、港口配套服务区等功能区。规划面积7.06平方千米，包括三个地块：地块一包含广州南沙保税港区一期、南海港区二期和公共查验区、面积4.26平方千米；地块二包含物流园区一期、江海联运码头一期，面积1.44平方千米；地块三是南沙出口加工区，包含两个区块，面积1.36平方千米。2009年7月封关运作。是全国第五个、广东省第一个正式封关运作的保税港区。



广州南沙保税港区享受保税区、出口加区相关的税收和外汇管理政策。充分发挥区位优势和政策优势，发展国际中转、配送、采购、转口贸易和出口加工等业务，拓展相关功能。主要税收政策为：国外货物入港区保税；货物出港区进入国内销售按货物进口的有关规定办理报关手续，并按货物实际状态征税。国内货物入港区视同出口、实行退税；港区内企业之后的货物交易不征增值税和消费税。



南沙充分利用保税港区政策优势和粤港澳合作的机制创新功能，加快推进港航物流产业集聚区建设，现已建成运营集装箱、粮食、能源、石化、散货、重型装备、汽车等多种类型的专业深水码头超过14个，2014年南沙港区实现货物吞吐量2.17亿吨，同比增长3.65%，集装箱吞吐量1100万标箱，同比增长7. 3%，南沙港区已建成13个10万吨级泊位，可满足世界最大集装箱船靠泊需求，外贸航线覆盖欧洲、美洲、非洲、亚洲、大洋洲等五大洲，现有国际班轮航线51条（截至2015年3月）。广州港货物吞吐量为5亿吨，全国排名第4，世界排名第5；集装箱吞吐量1662万TEU，全国排名第6，世界排名第8。